晴朗时节，江户川柯南【高山南 配音】和毛利小五郎【小山力也 配音】、小兰【山崎和佳奈 配音】以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海【柴咲幸 配音】当你进入生活，你就进入了忧虑。她会一直陪着你，让你和你一样上瘾。关心的感觉是微弱的，不断变化的，有时是一种快乐，有时是一种悲伤，有时脉搏加快，发烧加剧，有时是心和肺隐隐作痛。因此，关心是美丽而痛苦的谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀【林原惠美 配音】、阿笠博士【绪方贤一 配音】、服部平次【堀川亮 配音】以及远山和叶【宫村优子 配音】通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……