科学家本【Zach Galifianakis 饰】隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员然而，生活的单调不能奏出优美的音乐，世界的庸俗不能激发出灿烂的火花，人类情感的温暖和寒冷不能融合成五彩缤纷的彩霞。所有这一切给人类的孤独增加了更多的忧郁和沉默然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文【山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音】下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博【Bill Nighy 饰】的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特【崔西·摩根 Tracy Morgan 配音】、华蕾斯【佩内洛普·克鲁兹 Penélope Cruz 配音】、苍蝇莫奇和斯贝克斯【尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音】等成员迅速展开行动。 这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……