五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德【大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰】和丹娜·斯科莉【吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰】被迫调任处理一些平常的案件突然，我瞥见一只鸟从我眼前飞过，飞向遥远的地平线。那是传说中的喜鹊鸟吗？一定是急着要搭车去鹊桥，这样牛郎和织女才能见到他们的爱人某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步……本片为同名美剧的第一部剧场版。