本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编枕着一丝倦意，一杯淡香的茶，一卷薄薄的书，一盏晕黄的灯，灯影摇曳，懒懒地听着窗外那下着的雨。刚刚还乌云翻滚，泛着惨白的光 故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者【Level 0】、低能力者【Level 1】、异能力者【Level 2】、强能力者【Level 3】、大能力者【Level 4】和超能力者【Level5】。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始......