卡勒姆·林奇【迈克尔·法斯宾德 饰】在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅【玛丽昂·歌迪亚 饰】选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划突然，我瞥见一只鸟从我眼前飞过，飞向遥远的地平线。那是传说中的喜鹊鸟吗？一定是急着要搭车去鹊桥，这样牛郎和织女才能见到他们的爱人虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦【杰瑞米·艾恩斯 饰】施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨【迈克尔·威廉姆斯 饰】暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……