卡勒姆·林奇在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划相见将是此生的一大幸事。相互了解是心灵的契约。悲伤、快乐和幸福。我认为在你的空气中总有一种彼此了解和珍惜的味道虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……