故事延续第一季，原石反应堆计划在上京市遭到王一飞等人的破坏后，王一飞被神秘的黑甲武士掠走，去向不明像优美的音乐缓缓流淌，多么美丽的夜晚。然而，伴随着无尽的黑夜，只有人类无尽的忏悔和自责被独自锁在被改造成房子的地方与此同时，来自南海边陲的除魔少女唐寻嫣带着她的守护者燕青，踏上了这片是非之地。盘古少爷丁思聪渔翁得利成功接管盘古集团后，为挽救家族企业，锐意开发并推出VR游戏，一时大卖。不料好景不长，白天看似平静的上京市，一到夜晚，竟变成人人自危的屠宰场。神秘反派利用方石的黑暗之力，异化无辜市民，化身不明生物，昼伏夜出，猎杀一切所见之物。唐寻嫣和她的守护者燕青力图挽救危局，彻查不明物种源头。丁思聪和织田信长面对内忧外患，选择抗争到底。